菜種生産では、親魚と呼ばれる、卵をとる為の魚を用意する。卵をとる方法は、漁業者の取った成体の魚からとる方法と、生簀内で大きく成長させてとる方法がある。次に、孵化した幼魚や幼生を大型水槽に移して管理される。
陸上の水槽で成長させた後、放流場所の環境に慣れさせ、放流に適する大きさになるまで生簀や水槽などで管理される。
放流は、魚が自分で食料が狩れるようになる大きさまで成長させて、自然環境に慣らしたうえで行う。 また、魚それぞれの生育環境や生育条件に合わせて行う。 マダイやヒラメなどは、水槽で運ぶ。船で放流場所まで移動し、網で魚を掬い、海に放す。 カレイ等の海底にすむ魚の場合は、船上の水槽から太いホースを通し、海底へと放流する。 海底にすむエビなどを放流する際は、大型の容器の中に入れ、海底までロープを下ろし、容器から逃がして放流する。 魚体には標識をつけ、天然魚と放流された魚とを区別する。標識にはアンカー型、ダート型、スパゲティ型などがある。また、魚のヒレの一部を切り取って天然魚と区別する場合もある。
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放流後は、商品サイズになる前に魚が漁獲されないように、放流場所周辺の漁業者や釣り人に協力を要請する。